Происходит из семьи сосланных в 1920-е годы казаков (по материнской линии — из донских, по отцовской — из черниговских). Мать — Агриппина Яковлевна Панкратова, отец — Василий Трофимович Гузев. Отец воевал в Великой Отечественной войне, умер в 1952 году, оставив жену с четырьмя детьми. Двое из них умерли от голода, в живых остался только Александр и его сестра Зинаида[источник не указан 339 дней]. В детстве он мечтал о клоунаде, а его мать — о карьере военного. В 1968 году А. В. Панкратов окончил Горьковское театральное училище. В 1968—1971 годах работал актёром в Пензенском драматическом театре. В 1976 году окончил режиссёрский факультет ВГИКа мастерскую Е. Л. Дзигана. Приставку к фамилии "заработал" для того, чтобы отличаться от другого Александра Панкратова, учившегося с ним на одном курсе.